随着重型火炮开火轰击，火枪兵射击，彦根城上的守军也被打得连头都抬不起来，而工程兵也立刻出动，开始填埋护城河。因为时间里急，现挖泥砂都来不及了，只好就地取材，反正现在满战场都是尸体没清，干脆就来个废物利用吧，因此工程兵们纷纷将幕府士兵的尸体扔进护城河里，为爆破组辅平道路。当然在混乱当中，也不可能分得仔细，有一些重伤未死的幕府士兵也都被当做尸体，扔进护城河里，其中还夹杂着几名躲在尸体中装死的幕府士兵。这个时候才不管呢？
结果经过了一个多小时的工作，在彦根城的护城河里，用幕府士兵的尸体和泥砂混合，再铺上木板，终于辅出了三条道路，随后爆破组立刻跟进，对彦根城进行爆破。
“轰”的一声巨响，彦根城的城墙升起了巨大的烟雾火焰，城墙被炸开了一个十几米宽的大缺口，中华军的士兵立刻向彦根城发动了全面进攻，从炸开的缺口处杀进了彦根城里。
这时彦根城里虽然还有八九千士兵，但经过了城外一战之后，早己经军心涣散，如果城墙不失，还免强能够撑得住，现在城墙被炸开，中华军的士兵冲杀进彦根城里，任谁也无心与中华军交战，还不等主将下令，就纷纷溃散，从其他的城门逃出了彦根城。也有一部份没有及时逃出的士兵，向中华军投降。
而付责守卫彦根城的四个大名中，松平纲隆、松平赖常、稻叶正则三人带领着败军，逃出了彦根城里，但歧阜城方面败退，而井伊直孝在守天阁內剖腹自杀。因为他是彦根藩的藩主，彦根城失守，他怎么也是脱离不了责任，只能选择剖腹自杀。到下午四时左右，中华军完全控制住了彦根城的局势。
这一次战斗，也是中华军登陆日本以来，进行的一次最大规模的战斗，双方投入战场的兵力相加，以经接近了十万，但中华军仅仅只用了一天的时间，不仅在城外的野战中击败了幕府军的四万大军，并且又乘势攻克了彦根城，取得了这一次战斗的全胜。
取得的战果是，歼灭幕府军一万六千七百二十七人，俘虏一万三千五百八十二人，而中华军一方的损失是，阵亡一百八十七人，受伤三百六十三人。伤亡的人数都是在追击和向彥根城里突击时产生的，另外幕府军留在彦根城里的军用物资，还有彦根藩历年积累的财富，也都全部成为中华军的战利品。当然这些统计，都是在随后几天时间里，才逐步统计出来的。
到这个时候，中华军己经连续平灭了曰本十几个藩，其中领地在二十万石以上的较大藩有五六个，从这些藩里，仅获得的粮食就达到十五六万石，足够中华军使用近三个月，而从各藩府库中得到的白银达到六十余万两，黄金五万余两，其他的物资也值价白银三四十万两，因此也算是收获颇丰。
取胜之后，在后阵观战的各大名还有不少人如同做了一场大梦一样，毕竟这样的战斗，几乎毎一个大各都还是第一次看见，而且通过了这一战，几乎每一个大名心里都做出了决定，以后决不能与中华军为敌，因为这是一支根本就无法战胜的军队。当然像毛利广纲、锅岛胜茂、有马忠赖等早就投降了中华军的大名则都喜形于色，对他们来说，中华军的实力当然是越强越好。
就在这里，一个领令兵飞马赶到各大名的观战地前，大声道：“皇上有旨，着锅岛胜茂立刻率军，攻取长滨城，其余人等，立刻率领本部人马，进驻关原地区，毛利广纲驻守松尾山；有马忠赖驻守笹尾山，不得有误。”
众大名听了，也都不约而同的跪伏于地，道：“臣等尊旨。”
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